Олександр Кононович народився 12 лютого 1850 р. в м. Таганрозі (тепер м. Ростов, РФ), у сім’ї митного чиновника. Там юний Олександр деякий час відвідував гімназію, а продовжив навчання і здобув середню освіту вже в Одесі. У 1867 р. він вступив на математичне відділення Новоросійського університету, заснованого за два роки до того на базі Рішельєвського ліцею. Тепер цей виш має назву Одеський національний університет ім. І.І. Мечникова.
Закінчивши університет у 1871 р., О.К. Кононович залишився при ньому для підготовки до наукової діяльності — таку роботу, поєднану з поглибленим навчанням, можна вважати аналогом сучасної аспірантури. Того ж року він, здавши відповідні іспити, здобув звання педагога середньої школи. У 1873 році Олександр Костянтинович здав магістерські екзамени, після чого поїхав у наукове відрядження до Німеччини на два роки.
У Німеччині Олександр Костянтинович працював у Берлінській обсерваторії, слухав лекції Германа Гельмгольца з фізики в Берлінському університеті, а згодом вивчав фотометрію (можна сказати астрофотометрію) під керівництвом знаного вченого Йоганна Целльнера (1834—1882). Фотометрія (від давньогрецьких слів φωτός: світло і μετρέω: вимірюю) — це галузь астрономії, яка має справу з вимірюванням потоків та інтенсивностей електромагнітного випромінювання небесних світил, а також із розробленням методів для таких вимірювань. Йоганн Целльнер заклав основи астрофотометрії, отже, на той час був найкращим учителем у цій царині.
У 1876 р. О.К. Кононович повернувся до Одеси. Йому не вдалося зразу знайти роботу в університеті, тому він влаштувався вчителем математики й фізики в одній із гімназій Одеси. Разом з тим він проводив і наукові дослідження, що стосувалися обчислення орбіт подвійних зір. За спостереженнями подвійної зорі γ (гамма) Діви, що їх виконали Джеймс Брадлей (1693—1762), Фрідріх Бессель (1784—1846) та інші астрономи, вчений обчислив елементи її орбіти. За цією тематикою в 1880 р. Олександр Костянтинович захистив дисертацію «Визначення орбіт подвійних зір із застосуванням до обчислення орбіти γ Virginis», здобувши ступінь магістра астрономії. Наступного року він став на посаду завідувача кафедри астрономії та керівника астрономічної обсерваторії Новоросійського університету.
У той час ця обсерваторія була ще дуже молодою — рішення про її будівництво університет ухвалив 1870 року. Організацію та налагодження роботи обсерваторії провадив її перший директор, професор Леопольд Фомич Беркевич (1828—1897). Спочатку Одеська обсерваторія була тільки базою для практичних занять студентів, що само по собі дуже добре, але недостатньо для солідної установи.
Наступник Л.Ф. Беркевича, О.К. Кононович, очолював обсерваторію три десятиліття, не шкодуючи сил для її розвитку. Поступово йому вдалося придбати потрібні для спостережень прилади й інструменти: 6.5-дюймовий рефрактор Кука, фотометр Целльнера, протуберанц-спектроскоп та ін. Самовіддана праця його та його колег сприяла тому, що Одеська обсерваторія із навчально-допоміжної установи стала важливим науковим центром, перетворилася на передовий для того часу астрофізичний дослідний заклад. Саме астрофізичний, адже Олексій Костянтинович — один з піонерів астрофізичних досліджень у тодішній Росії. Другий етап його наукової роботи стосується фотометричного вивчення небесних об’єктів. О.К. Кононович одержав великі ряди фотометричних спостережень Марса, Юпітера й Сатурна, у 1883 р. захистив докторську дисертацію на цю тему («Фотометричні дослідження планет Марса, Юпітера та Сатурна») і невдовзі був обраний професором кафедри астрономії університету в Одесі.
Згодом учений захопився вивченням сонячних протуберанців і регулярно спостерігав їх за допомогою спеціального приладу — протуберанц-спектроскопа. Сонячний протуберанець (від латинського слова protubero: здуваюся) — це хмара з речовини хромосфери Сонця, що піднялася в його корону і якийсь час утримується в ній унаслідок дії магнітного поля. За допомогою спеціального світлофільтра протуберанець видно на диску Сонця як темне вузьке волокно, а на краю сонячного диска він часто має вигляд арки (арка чимала: до 100 тис. км заввишки й 4—15 тис. км завтовшки).
А ще Олександра Костянтиновича цікавили сонячні плями — темні утворення на Сонці, температура яких приблизно на 1500 градусів нижча від температури навколишніх ділянок сонячної фотосфери. Сонячні плями можна спостерігати за допомогою оптичних приладів, а якщо вони мають великі розміри, то за сприятливих умов їх видно і неозброєним оком. О.К. Кононович визначав координати сонячних плям, послуговуючись фотографічними методами. Він зібрав велику колекцію — понад півтори тисячі знімків поверхні Сонця.
О.К. Кононович помер 18 травня 1910 р.; на його честь названо астероїд Головного поясу (8322) Kononovich. Серед учнів О.К. Кононовича — талановитий російський астрофізик О.П. Ганський (1870—1908), відомий пулковський астрометрист О.С. Васильєв (1868—1947) та ін.
Л.М. Свачій, канд. фіз.-мат. наук. Головна астрономічна обсерваторія НАН України.